三个月婴儿拉肚子，常见的原因是乳糖不耐受、蛋白过敏、喂养不当、胃肠炎等，处理方法包括观察症状、保持清洁、补充水分、调整饮食、及时就医。

1.观察症状：注意观察婴儿拉肚子的次数、粪便的颜色和性状，以及有无其他症状如发热、呕吐、腹痛等，以便于判断病情严重程度。

2.保持清洁：给婴儿更换尿布时，要及时清洁臀部，避免尿布湿疹和感染。如有必要，可以使用婴儿湿巾进行清洁。

3.补充水分：拉肚子可能导致婴儿脱水，需要及时补充水分。可以适当增加母乳或配方奶的喂养次数，如有需要，可以在医生指导下使用口服补液盐。

4.调整饮食：可以食用无乳糖奶粉、低敏配方奶粉或深度水解奶粉。调整喂奶的浓度，适当减少喂养的次数。

5.及时就医：如果婴儿拉肚子次数频繁、伴有发热、呕吐等症状，或病情持续不见好转，建议尽快就医，以便医生根据具体情况进行诊断和治疗。

为预防婴儿拉肚子，需要保持家中环境卫生、勤洗手、合理喂养，尽量避免婴儿接触到病毒或细菌等病原体。