克罗恩病是一种病因尚不十分清楚的胃肠道慢性炎性肉芽肿性疾病，治疗上以戒烟、饮食调理及药物治疗为主。
治疗上，主要目的是控制病情活动、维持缓解及防治并发症。首先，患有克罗恩病的患者必须戒烟，强调饮食调理和营养补充，一般给予高营养低渣饮食，适当给予叶酸、维生素B₁₂等多种维生素及微量元素。
药物上需根据病情，选择氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂、抗生素、生物制剂等药物治疗方案。若内科治疗无效，或存在包括完全性肠梗阻、急性穿孔或不能控制的大出血等并发症，则需要进行手术治疗，本病手术后复发率高。
用药应在医生指导下进行。本病可经治疗好转，也可自行缓解。但多数患者反复发作，迁延不愈。其中相当部分患者在其病程中因出现并发症而手术治疗，甚至多次手术，预后不佳。
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