核磁共振扫描是可以检查全身的。核磁共振应用于全身多部位、多系统、多疾病的诊断，在临床工作中得到广泛的开展。
核磁共振由于其软组织分辨率高，图像成像参数多，相对无辐射损伤等优势，在临床上往往用于补充诊断传统CT或者平片不能确诊的病例，在临床工作中具有非常高的影像诊断价值，所以核磁共振是可以适用于全身多系统的。
相对发展比较成熟的系统主要是中枢神经系统，脑肿瘤，脑血管畸形，脑感染性疾病，核磁共振就比CT更具有诊断优势。
还有现在应用的比较广泛的，应用于骨关节系统的软组织肿瘤，核磁共振由于其对软组织信号展示的图像更为优秀，所以说相比传统CT它的诊断价值更高。
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