PETCT和穿刺活检是两种不同的检查方式，不能简单地进行比较。
单对具体的病灶而言，PETCT的准确率在90%左右，并没有穿刺活检准确。但是对于有些特殊的病灶，由于穿刺活检也受穿刺取材部位、病理人员经验的影响等，所以也不是100%的，也有一定的假阴性率。
很多情况下，肿瘤的患者需要两种检查同时做，PETCT多用于诊断早期肿瘤的患者，能够发现微小的病灶，而且对于已经明确的肿瘤，PETCT还能够判断肿瘤是否有其他脏器的转移，帮助肿瘤进行临床分析，指导治疗。
当PETCT发现明确的病灶之后，还可以帮助穿刺活检，使穿刺活检的准确率更高。
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