自身免疫性肝炎的病因还不是很清楚，目前认为与以下几种原因有关：第一，遗传易感性被认为是主要的原因，自身免疫性肝炎是一种多基因遗传病，目前研究显示肝脏自身免疫并不都是常染色体遗传，部分是单基因遗传。
第二，感染因素，病毒细菌与寄生虫感染可以导致自身免疫的变化，诱导自身抗体的产生，发生针对肝细胞的自身免疫性肝炎。
第三，个人的体质，特别是女性更容易患自身免疫性肝炎。
第四，药物和生物制剂，药物性肝损伤有时与自身免疫性肝炎的表现很相似，免疫介导的药物性肝损伤是一种以摄入药物和草药后出现类似于自身免疫类生化和组织学特征的综合征，因此药物的使用有可能会诱导自身免疫性肝炎的出现。
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