眼睛的上眼皮内正中间长小黄色的泡可能是病毒性结膜炎、麦粒肿、眼结石等疾病导致，需要根据发病原因采取针对性的措施治疗。

1、病毒性结膜炎：主要是病毒感染引起，典型症状有眼部异物感、流眼泪、眼睛发红等症状，当受到病毒侵袭时会导致结膜组织损伤，从而引起泡泡，并且颜色为黄色，还会长在眼皮内侧中腰部位，可以在医生的指导下服用利巴韦林颗粒、拉米夫定片、齐多夫定片等药物治疗。

2、麦粒肿：是发生在眼睑腺的急性化脓性炎症病变，主要是葡萄球菌感染引起，会导致局部发红以及热痛，同时还会导致眼睛中间有肿物，并且肿物中含有黄色的分泌物，不及时处理会呈现黄色的泡泡，需要遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素地塞米松滴眼液、氯霉素滴眼液等药物治疗。

3、眼结石：发病原因不完全明确，考虑与不良卫生习惯、环境因素等有关，会导致眼睛内出现结石，并且结石的颜色发黄，不及时处理可能会导致视物模糊以及视力下降，需要听从医生的建议通过裂隙灯下取石治疗。

除了以上论述的疾病以外，还有可能是霰粒肿等原因导致。日常生活中要保持眼睛部位清洁卫生，不可以用手揉眼睛，以免影响病情恢复。