两只眼睛的睫毛根部疼痛通常是由于不良生活习惯、外伤、麦粒肿等原因所引起，患者可以根据自身不同情况，采取相对应的处理方法，情况严重时还应及时就医进行检查。

1、不良生活习惯：如果患者在日常生活当中，经常用脏手揉搓眼睑部位，则容易使眼睫毛处受到刺激，诱发疼痛并且伴随着红肿现象，可以进行适当休息，也可以使用生理盐水冲洗眼睛，从而缓解自身不适感。

2、外伤：如果患者眼睫毛部位受到了外伤，从而使局部皮肤黏膜受到损害诱发疼痛并且伴随着肿胀等现象，可以进行局部冰袋冷敷，情况严重时还应及时就医，在专业医生指导下进行清创治疗。

3、麦粒肿：通常是由于患者没有注意个人卫生管理，导致金黄色葡萄球菌进入眼内，造成炎症反应，使患者眼部出现红肿以及发热、发痛等不适感痛，在疾病的发展下也会使眼部出现脓包，可以在医生指导下通过红霉素软膏、阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片等药物进行治疗。

除以上相对常见的原因外，还包含霰粒肿等，同时在日常饮食方面可以适当吃一些蓝莓以及胡萝卜等食物，可以有效为眼睛补充营养，从而起到保护眼睛的作用。