经颅磁刺一般能刺激下丘脑垂体。
经颅磁刺激可以改变脉冲的频率，能透过颅骨，可以使大脑皮层受到抑制或者兴奋，从而治疗神经系统疾病和精神类疾病。其次，也可以增加相关神经递质的周转率，增加脑源性神经生长因子，以及使失衡的下丘脑-垂体-肾上腺轴正常化。
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