小便的时候尿道刺痛通常是因为急性肾盂肾炎、膀胱炎、尿道结石等原因造成，具体原因需要到医院进行详细检查。

1、急性肾盂肾炎：主要是因为感染了病菌引起，会造成尿急以及尿痛等症状，所以会受到局部炎症刺激，引起小便的时候尿道刺痛，可以遵医嘱服用盐酸左氧氟沙星片、甲硝唑片、替硝唑片等药物治疗。

2、膀胱炎：一般也与感染因素有关，会引起小腹疼痛以及尿频等症状，并且在小便时会刺激到局部炎症，从而引发尿道刺痛，可以遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢呋辛酯片、头孢克肟颗粒等药物治疗。

3、尿道结石：可能是因为肾结石不小心摔落到尿道引起，一般会引起尿血以及尿痛等症状，所以会造成小便的时候尿道刺痛，可以通过体外冲击波碎石术以及尿道镜激光碎石术等方式治疗。

除以上几种原因，还有可能是因为前列腺炎、尿道外伤等原因造成。短时间内患者要注意局部清洗，并且患者要保持积极向上的心态，有助于病情恢复，还要尽量以清淡饮食为主，不要吃辛辣刺激性食物。