小便酱油色伴腰痛可能是尿道炎、膀胱炎、肾结石等因素导致，可以在医生指导下通过药物以及手术治疗。

1、尿道炎：主要是由淋球菌感染引起，也可能是通过性接触传播导致，在感染细菌后导致细胞破裂坏死，引起局部炎症，通常会出现尿道刺痒、尿道分泌物、尿偏黑等症状，可以在医生指导下通过阿奇霉素分散片、罗红霉素胶囊、甲硝唑片等药物治疗。

2、膀胱炎：通常是由于免疫力低下或者是细菌感染引起，一般在患病后，通常会导致尿液里面有比较多的炎性物质或者是脓性细胞，导致患者出现尿频、尿急、尿黄偏黑等症状，可以在医生指导下通过头孢克肟胶囊、头孢呋辛酯片、盐酸环丙沙星片等药物治疗。

3、肾结石：通常是由于患者过量食用高蛋白的食物或者是长期低镁饮食，通常会导致尿液中成石物质浓度升高，析出结晶，在局部生长、聚积，通常会出现腰腹疼痛、血尿、恶心、腹胀等，可以在医生指导下通过体外冲击波碎石术、经皮肾镜碎石等手术方式治疗。

除以上常见因素，一般还包括泌尿系统结石，患者应及时就医，查明病因针对病因进行治疗。在日常生活中应注意个人卫生，保证充足的休息，避免熬夜。