由于抗菌药物的广泛应用，痢疾杆菌耐药菌株逐渐增多，常用抗菌药物的疗效显著降低，故粪便培养检测致病菌时需及时做药敏试验，以指导合理用药。目前常用的药物有：
(1)磺胺类药物。
(2)抗生素：庆大霉素是目前常用的抗生素之一。氨苄青霉素，磷霉素。
(3)喹诺酮类药物。包括吡哌酸、氟哌酸、氟啶酸、氟嗪酸。
(4)中药，包括黄连素、穿心莲、抗炎灵。
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