什么药治疗巴氏杆菌病最有效这个说法本身是错误的，主要需根据患者自身情况，选择最适合自己的药物。一般情况下，治疗巴氏杆菌病的药物包括青霉素、链霉素等。
1. 青霉素：其是抗生素的一种，青霉素分子中含有青霉烷，通常可以通过破坏巴氏杆菌的细胞壁，阻隔巴氏杆菌细胞的繁殖，进而起到治疗的目的。但在使用时应该注意，每次使用前必须做皮试，以防引起过敏等不良症状。
2. 链霉素：是一种从灰链霉菌的培养液中提取的抗生素，是一种氨基糖苷的碱性化合物，链霉素与巴氏杆菌核糖核酸蛋白质结合，干扰了巴氏杆菌蛋白质合成的过程，从而起到杀灭或抑制巴氏杆菌生长的作用。链霉素肌内注射的疼痛反应较小，适宜在临床上使用，在应用对象选择得当、剂量合适的前提下，是可以达到治疗巴氏杆菌病的目的。
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