阴道内侧有排列的小点，外侧有一两颗，小便疼痛有一点痒可能是阴道炎、生殖器疱疹、尖锐湿疣等原因导致的，可以通过局部用药、口服药物等方法治疗。

1、阴道炎：阴道炎是一种比较常见的妇科疾病，可能是阴道菌群失衡导致的，会导致阴道分泌物异常，还会出现疼痛和烧灼感，容易导致外阴部位出现小丘疹，可以在医生的指导下使用甲硝唑栓、替硝唑栓、硝酸咪康唑栓等药物治疗。

2、生殖器疱疹：生殖器疱疹是一种比较常见的性传播疾病，主要是由单纯疱疹病毒感染引起的，生殖器以及肛门部位皮肤黏膜会出现烧灼和疼痛感，同时还会伴有瘙痒感，可以遵医嘱服用阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片、泛昔洛韦片等药物治疗。

3、尖锐湿疣：尖锐湿疣主要是人乳头瘤病毒感染引起的，是一种性传播疾病，容易导致生殖器部位出现菜花样赘生物，患者可能会出现疼痛和瘙痒感，可以在医生的指导下涂抹咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏、鬼臼毒素乳膏等药物治疗。

除了上述原因以外，也可以考虑是梅毒的原因，无论是哪种疾病，都需要及时治疗，以免症状加重。