儿童再生障碍性贫血的治疗主要是针对病因，采用免疫抑制剂治疗、促进造血治疗以及干细胞移植等方法。
免疫抑制治疗一般常用的免疫抑制剂有环孢素或者是抗胸腺细胞球蛋白。环孢素一般适用于所有的儿童再生障碍性贫血，抗胸腺细胞球蛋白一般适用于重型的儿童再生障碍性贫血。对于促造血治疗，一般常用的药物比如司坦唑醇、十一酸睾酮、达那唑等，一般适用于所有的儿童再生障碍性贫血，还可以用造血细胞生长因子，一般适用于重型的儿童再生障碍性贫血。对于年龄比较小的患者，没有感染或者没有其他的并发症，在能够选择到配体的情况下一般还可以考虑进行造血干细胞移植等。
患者在治疗期间建议以清淡饮食为主，不要吃辛辣刺激的食物，如辣条、火鸡面等，以免影响疾病的恢复。
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