三个月婴儿腹泻的原因通常包括生理性因素、喂养不当、病毒或细菌感染等，建议患者及时就诊，以免延误病情。

1、生理性因素：

三个月婴儿年龄较小，胃肠道功能还没有健全，如果婴儿精神状态较好，体重增长正常，大便次数一天在7次~8次之间，患者无需过于担心，属于正常现象。

2、喂养不当：

如果家长给婴儿喂太凉或过浓的奶粉，都会导致婴儿出现腹泻，通常大便会出现有泡沫、带有酸味、颗粒物等症状，家长需要及时纠正不当的喂养方法，可以在医生指导下通过双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒、复方嗜酸乳杆菌片等药物进行治疗。

3、病毒或细菌感染：

如果患者个人卫生较差，被细菌或病毒感染，细菌或病毒会在体内释放大量毒素，刺激到患者的胃肠功能，患者就会出现腹泻的症状，可能还会伴随呕吐、发热等症状出现，可以遵医嘱通过头孢克肟颗粒、阿奇霉素颗粒、蒲地蓝消炎口服液等药物进行治疗。

除以上原因外，还可能是由于胃肠炎等原因引起，患者应积极配合医生治疗，病情可以逐渐得到好转。